Die Hochschule Geisenheim wird von einem Präsidium geleitet, dem der Präsident, ein:e Vizepräsident:in für Lehre und ein:e Vizepräsident:in für Forschung sowie die Kanzlerin angehören. Das Präsidium fördert unter Beteiligung des Hochschulrats und zusammen mit dem Senat und anderen Organen der Hochschule deren systematische Weiterentwicklung. Es erarbeitet Vorschläge zur Entwicklungsplanung der Hochschule und beschließt Angelegenheiten in Haushalt, Personal, Organisation und Verwaltung. Zudem berichtet das Präsidium jährlich dem Hessischen Landtag über die Erfüllung der Aufgaben der Hochschule.