Das Institut für Modellierung und Systemanalyse befasst sich mit zahlreichen Projekten, die Prozesse aus den in Geisenheim vertretenen Anwendungsgebieten mathematisch modellieren und am Computer simulieren, beispielsweise Flaschenreinigungs- und Flaschenentleerungsprozesse, Weingärungsprozesse, Homogenisierungsprozesse in Großtanks, Cross-Flow-Filtration, Modellierung pflanzlicher Geometrien usw. Das im Institut entwickelte Linux-Betriebssystem Gm.Linux („Geisenheim-Linux“) stellt ein umfassendes Softwarepaket für wissenschaftlich-technische oder betriebswirtschaftliche Berechnungen und Datenanalysen in kostenloser Open-Source-Lizenz zur Verfügung und erlaubt den Projektpartnern aus Forschung und Industrie die unkomplizierte und kostenlose Nutzung von Projektergebnissen ohne Installationsaufwand, z. B. im virtualisierten Betrieb auf vorhandenen Rechnern.